В это же время дальневосточный «Совет председателей общин» преобразуется в «Братство священномученика Аввакума», руководят которым о.Елисей и А. Ванчев, а членство и участие в нём, по уставу, могло быть не только открытым, но и почему-то тайным.
Осенью 2003 года Елисей Елисеев попал в хронику светской газеты Коммерсанть, писавшей о том, что он и мирянин Александр Ванчев, воспользовавшись болезнью митрополита Алимпия, попытались осуществить церковный переворот. По имеющимся сведениям, они боролись с тем, чтобы власть в Церкви не сосредоточилась в руках родного брата митрополита, настоятеля Покровского Собора о.Леонида Гусева. При этом для решения данной проблемы были задействованы политические методы с привлечением митрополита Леонтия из Браилы, что положило начало конфликту двух митрополий.
Указом митрополита Алимпия от 11 октября 2003 г. иерей Елисей Елисеев был запрещен в служении, а мирянин Александр Ванчев - отлучён от Церкви.
Столь радикальные меры были вызваны тем, что Елисеев со товарищи вышли из подчинения московской Митрополии и в одностороннем порядке признали над собой власть братской Браильской Митрополии во главе с митрополитом Леонтием. В раздоре: они пребывали недолго, так как спустя несколько месяцев в Москве упокоился.
Постановлением Освященного Собора РПСЦ 2004 года, избравшего на пост предстоятеля Церкви Митрополита Андриана, прещения на раздорников были отменены, к тому же Собор предоставил право митрополиту Андриану осуществить принятие иерея Елисея Елисеева, иерея Александра Шестакова, иерея Константина Лунева, иерея Сергия Боголюба в юрисдикцию Московской митрополии после предоставления ими отпускных грамот от митрополита Белокриницкого Леонтия.
Будучи вновь принятым в лоно РПСЦ, Елисеев вернулся в Бурятию в качестве настоятеля Верхнеудинской старообрядческой общины. Хотя о.Елисей Елисеев не удосужился даже взять благословение на своё новое служение, спустя пару лет от новопоставленного епископа Германа он удостоился звания протоиерея, которое по устоявшейся церковной традиции присваивают священникам не ранее, чем на двадцатилетний юбилей пребывания в сане…
В 2004 году, после посещения митрополитом Андрианом Дальнего Востока, о.Елисей был определён настоятелем местного прихода в селе Суходол, что было обусловлено выявленными финансовыми махинациями в Бурятии.
В 2005 году на приходы Дальнего Востока был поставлен недавно принятый из РДЦ кроткий и слабовольный епископ Герман (Савельев), который в силу своего характера моментально оказался в зависимости (как материально, так и психологически) от o.Елисея Елисеева и его «братства».