В 1662 году Аввакуму пришло разрешение возвратиться из ссылки. Протопоп с домочадцами и брошенными Пашковым больными казаками двинулись в обратный путь, который занял около двух лет. Не было жестокого воеводы, зато были все тяготы длинной и опасной дороги через земли враждебных инородцев. «Пять недель по льду голому ехали на нартах. Мне под ребят и под рухлишко дал две клячи, а сам и протопопица брели пеши, убивающеся о лед. Страна варварская, иноземцы немирные; отстать от лошадей не смеем, а за лошадьми идти не поспеем, голодные и томные люди. Протопопица бедная бредет-бредет, да и повалится - скользко гораздо! В иную пору, бредучи, повалилась, а иной томной же человек на нея набрел, тут же и повалился; оба кричат, а встать не могут. Мужик кричит: «Матушка-государыня, прости!» А протопопица кричит: «Что ты, батько, меня задавил?» Я пришел - на меня, бедная, пеняет, говоря: «Долго ли муки сея, протопоп, будет?» И я говорю: «Марковна, до самыя до смерти!» Она же, вздохня, отвечала: «Добро, Петрович, ино еще побредем»». Вернувшись на «большую землю», Аввакум был очень расстроен, видя, что в церквах служат по новым книгам. Тяжкие думы одолели протопопа. Ревность о вере схлестнулась с заботами о жене и детях. Аввакум рассуждал: «Что сотворю? Проповедаю ли слово Божие или скроюсь где? Понеже жена и дети связали меня…» Однажды протопопица, увидев мужа печальным, тревожно спросила: «Что, господин, опечалился?» - «Жена, что сотворю: зима еретическая на дворе, говорить ли мне или молчать? Связали вы меня!» - с сердцем сказал протопоп. Но в своей супруге страдалец нашел достойную сподвижницу. «Господи помилуй! - воскликнула Марковна. - Что ты, Петрович, говоришь? Аз тя и с детьми благословляю: дерзай проповедать слово Божие по-прежнему, а о нас не тужи; донеже Бог изволит, живем вместе, а егда разлучат, тогда нас в молитвах своих не забывай; силен Христос, и нас не покинуть! Поди, поди в церковь, Петрович, обличай блудню еретическую!» Ободренный поддержкою любимого человека Аввакум, «до Москвы едучи, по всем городам и по селам, во церквах и на торгах кричал, проповедуя слово Божие и уча, и обличая безбожную лесть». Весною 1664 года изгнанник достиг столицы. Это было время беспатриаршия, когда после конфликта с царем Никон покинул святительский престол. Слух о протопопе Аввакуме быстро распространился по всему городу. Симпатии и внимание москвичей привлекали стойкость этого праведника, не сломленного тяготами ссылки, и его исповеднический подвиг, который был «велик, продолжителен, постоянен и крайне труден».
Сам Алексей Михайлович удостоил протопопа аудиенции, «слова милостивые говорил» и велел поселить Аввакума в Кремле. Государь, казалось, благоволил к протопопу: проходя мимо его двора, неизменно кланялся и испрашивал благословения. И вот, пользуясь таким отношением, Аввакум подал царю пространную челобитную (так называемую «первую», ибо за нею последовали еще четыре). В ней протопоп призывал царя «отложить служебники новые и все его, Никоновы, затейки дурные». Дожидаясь государева ответа, Аввакум всего себя посвятил заботам о пастве. Он писал многочисленные послания, утешая страждущих и подбадривая робких, пламенно проповедуя верность отеческому православию. Поскольку проповедь эта имела огромный успех, царь приказал окольничему Родиону Стрешневу уговарить протопопа молчать, дабы он не «искушал» москвичей. На некоторое время Аввакум как будто действительно покорился.
Но «паки заворчал», вновь написав Алексею Михайловичу челобитную, в которой вновь просил, чтобы царь «старое благочестие взыскал». Одновременно протопоп проповедовал свои взгляды в церкви святой Софии, «что за Москвою-рекою в Садовниках». В итоге всего через полгода по возвращении из ссылки Аввакум получил такое предписание: «Власти-де, на тебя жалуются, церкви-де, ты запустошил, поедь-де, в ссылку опять». Сначала протопопа с семьею повезли за Полярный круг, в далекий Пустозерский острог. Но с дороги он отправил царю челобитную, слезно умоляя «ребятишек ради» смягчить наказание и оставить семью в Холмогорах или каком-нибудь другом, не столь отдаленном месте. Друзья Аввакума активно просили за него в Москве, и в итоге ему с женою и шестью детьми приказали жить в Поморье, на Мезени. Здесь он провел больше года, а семья оставалась и позднее.
Весною 1666 года Аввакума под стражею повезли в Москву для суда на большом церковном Соборе. Сначала его держали в Пафнутиево-Боровском монастыре, безуспешно уговаривая принять новые обряды. Затем отвезли в Москву, где после прений о вере повели в Успенский собор, расстригли и предали анафеме. 30 апреля 1667 года несломленного Аввакума поставили заточение в Пустозерский острог. Перед отправкою в ссылку Лазаря и Епифания подвергли публичной казни: им отрезали языки, иноку также «поперек костей» отсекли четыре перста на правой руке. А Лазарю, как вспоминал Аввакум, «положа правую руку на плаху, по запястье отсекли, и рука отсеченная, лежа на земли, сложила сама по преданию персты и долго лежала пред народы, исповедала, бедная, и по смерти знамение Спасителево неизменно. Мне и самому сие чудно: бездушная одушевленных обличает!» Самого протопопа от казни спасло лишь заступничество царицы. 12 декабря 1667 года Аввакум и его соратники-старообрядцы прибыли к своему последнему земному пристанищу, которым стала страшная земляная тюрьма. Наступил заключительный, 14-летний период жизни Аввакума… В это время протопоп пишет многочисленные послания единомышленникам, челобитные царю и другие сочинения, которые были для староверов «светлее солнца». Здесь же не самочинно, но по благословению своего духовника, старца Епифания, взялся Аввакум и за свое прославленное «Житие».
Заточив Аввакума в Пустозерском остроге, за тысячи верст от Москвы, власти надеялись заставить его замолчать. Но вышло наоборот. Пустозерск превратился в проповеднический и вероучительный центр старообрядческого движения. Сочинения протопопа, написанные в холодной земляной яме, в кромешной тьме, при багровом дымном свете лучины, обошли весь мир во исполнение пророческого слова: «по всей земле прошло вещание их, и до концов вселенной глаголы их» (Пс. 18,4).
Преданные Аввакуму и его товарищам стрельцы передавали сочинения узников на волю. И по всей Руси внятно и одушевленно раздавался голос пустозерского страдальца, многократно усиленный славою исповеднического подвига: «И ты, правоверие, без сомнения держи предание святых отец, Бог тебя благословит, умри за сие, и я с тобою же должен. Станем добре, не предадим благоверия!»
Проходили годы, на Руси совершались важные перемены, а тяжелому заключению не предвиделось конца. В 1676 году умер «тишайший» царь Алексей Михайлович и на престол вступил его сын Феодор. Святой Аввакум обратился к нему с челобитною, в которой, в частности, писал: «Бог судит между мною и царем Алексеем. В муках он сидит, слышал я от Спаса: то ему за свою правду!»